Koszty działalności Inspekcji i wykonywania zadań, o których mowa w art. 3 ust. 2 i 3 ustawy o Inspekcji Weterynaryjnej (t.j. z 2010 r. Dz.U. Nr 112 poz. 744), są pokrywane z budżetu państwa.

Wojewódzkie, powiatowe i graniczne inspektoraty weterynarii są państwowymi jednostkami budżetowymi.
W budżetach wojewodów wyodrębnia się środki przeznaczone na:

1. zwalczanie chorób zakaźnych zwierząt i chorób odzwierzęcych podlegających obowiązkowi zwalczania, w tym na odszkodowania, zapomogi i nagrody oraz zadania wynikające z planów gotowości zwalczania chorób zakaźnych zwierząt;
2. badania kontrolne zakażeń zwierząt;
3. monitorowanie chorób odzwierzęcych i odzwierzęcych czynników chorobotwórczych podlegających obowiązkowi monitorowania oraz związanej z nimi oporności na środki przeciwdrobnoustrojowe u zwierząt, w produktach pochodzenia zwierzęcego i środkach żywienia zwierząt;
4. prowadzenie monitorowania substancji niedozwolonych, pozostałości chemicznych, biologicznych, produktów leczniczych i skażeń promieniotwórczych u zwierząt, w ich wydzielinach i wydalinach, w tkankach lub narządach zwierząt, w produktach pochodzenia zwierzęcego, w wodzie przeznaczonej do pojenia zwierząt oraz środkach żywienia zwierząt;
5. realizację rocznych planów urzędowej kontroli środków żywienia zwierząt i pasz leczniczych.

Minister właściwy do spraw rolnictwa w porozumieniu z ministrem właściwym do spraw finansów publicznych określił, w drodze rozporządzenia, rodzaje wydatków, które mogą być finansowane ze środków, wyodrębnionych w budżetach wojewodów, ponoszonych przez inspektoraty weterynarii na:

1. zwalczanie chorób zakaźnych zwierząt i chorób odzwierzęcych podlegających obowiązkowi zwalczania, w tym na odszkodowania, zapomogi i nagrody oraz zadania wynikające z planów gotowości zwalczania poszczególnych chorób zakaźnych zwierząt,
2. badania kontrolne zakażeń zwierząt,
3. monitorowanie chorób odzwierzęcych i odzwierzęcych czynników chorobotwórczych podlegających obowiązkowi monitorowania oraz związanej z nimi oporności na środki przeciwdrobnoustrojowe u zwierząt, w produktach pochodzenia zwierzęcego i środkach żywienia zwierząt,
4. prowadzenie monitorowania substancji niedozwolonych, pozostałości chemicznych, biologicznych, produktów leczniczych i skażeń promieniotwórczych u zwierząt, w ich wydzielinach i wydalinach, w tkankach lub narządach zwierząt, w produktach pochodzenia zwierzęcego, w wodzie przeznaczonej do pojenia zwierząt oraz środkach żywienia zwierząt,
5. realizację rocznych planów urzędowej kontroli środków żywienia zwierząt i pasz leczniczych - mając na względzie pełną ewidencję wydatków ponoszonych przez Inspekcję na realizację tych zadań oraz potrzebę racjonalnego wydatkowania środków budżetowych.